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Em maio de 1569, uma violenta peste irrompeu em Lisboa e fez milhares de vítimas, obrigando à fuga da família real para Sintra. Muitos devotos recorriam a Nossa Senhora para lhe pedir proteção. Em ação de graças, os sobreviventes organizaram, em 1570, a primeira procissão com a imagem de Nossa Senhora da Saúde, sendo levada para a igreja dos Meninos Órfãos. Esta procissão repete-se todos os anos, no mês de abril.
Outra tradição diz que como o número de mortos acabou por ser largamente superior ao espaço disponível no cemitério de Lisboa, decidiram então enterrá-los nas proximidades. Contudo, ao abrir-se uma vala, os coveiros encontraram uma estátua da Virgem. O povo reuniu-se de imediato com grande fervor e organizou a procissão em honra da Mãe de Deus, a fim de invocar a sua proteção. Pouco depois da procissão, a peste cessou. A estatueta da Virgem Maria então descoberta passou a ser venerada como Nossa Senhora da Saúde.
ORAÇÃO:
Virgem puríssima, sois a saúde dos enfermos, o refúgio dos pecadores, a consoladora dos aflitos e a despenseira de todas as graças. Na minha fraqueza e no meu desânimo, apelo hoje para os tesouros da vossa misericórdia e bondade e atrevo-me a chamar-vos pelo doce nome de Mãe. Sim, ó Mãe, atendei-me nesta enfermidade, dai-me a saúde do corpo, para que possa cumprir os meus deveres com ânimo e alegria e com a mesma disposição servir ao vosso Filho, Jesus, e agradecer-vos, Saúde dos Enfermos. Ámen.